A partir de su asunción al cargo, comenzó a proponer cambios en la política sanitaria con medidas específicas como la reestructuración del calendario de vacunación, ha impulsado una reorganización del departamento que supuso la salida de unos 20 000 empleados y una revisión profunda de la política de vacunación estadounidense: destituyó a la totalidad del comité asesor sobre vacunas de los CDC (Centros para el control y la prevención de enfermedades). La gestión de RFK ha coincidido con los mayores brotes de sarampión registrados en el país desde 1992.
En un fallo del juez federal Brian Murphy, en Boston (Massachusetts) el 16 de marzo de 2026, el magistrado determinó que la reforma del comité asesor de los Centros para el Control y la Prevención de Enfermedades (CDC) y los recortes al calendario fueron acciones «arbitrarias y caprichosas», por lo que probablemente violaban la ley vigente. El fallo frenó temporalmente la polémica medida del gobierno de Donald Trump que pretendía reducir de 17 a 11 las vacunas pediátricas recomendadas de forma rutinaria para los niños. Además de proteger el calendario de vacunación, el fallo bloqueó el intento de Kennedy Jr. de nombrar a 13 nuevos miembros en el panel asesor encargado de formular las políticas de inmunización del país.
RFK canceló en agosto de 2025 la financiación de 22 proyectos de investigación y contratos enfocados en la tecnología de ARN mensajero (ARNm) (una molécula de ácido ribonucleico de una sola cadena que lleva la información genética del ADN en el núcleo de la célula hasta los ribosomas en el citoplasma). La medida frenó subvenciones por un valor total de casi 500 millones de dólares que eran gestionadas a través de la Autoridad de Investigación y Desarrollo Biomédico Avanzado (BARDA). La inmensa mayoría de los 22 proyectos suspendidos buscaban desarrollar vacunas contra enfermedades de las vías respiratorias superiores, principalmente la COVID-19 y la gripe (influenza), se frenó un acuerdo específico con la farmacéutica Moderna. La medida afectó tanto a contratos en curso como a solicitudes previas de asignación de fondos en las que participaban compañías como Pfizer y Sanofi, además de centros de investigación universitaria.
Desde el HHS (Departamento de Salud y Servicios Humanos) se justificó la decisión asegurando que los datos demuestran que las vacunas de ARNm no protegen eficazmente contra las infecciones de las vías respiratorias superiores y que esta tecnología presenta más riesgos que beneficios para dichos virus.
Seis organizaciones médicas de peso, lideradas por la Academia Estadounidense de Pediatría (AAP) denunciaron que el Departamento de Salud y Servicios Humanos (HHS) eliminó dosis críticas (como las de la hepatitis A) sin seguir los procesos científicos y legales estipulados.
A mediados del 2025 constituyó formalmente la comisión enfocada en combatir las enfermedades crónicas en EE. UU., con RFK como presidente.
El 7 de enero de 2026, RFK Jr., junto con la Secretaria de Agricultura Brooke Rollins, anunció oficialmente un histórico cambio en las directrices alimentarias de EE. UU (2025-2030), una medida que es el pilar de su movimiento «Make América Healthy Again» (MAHA) y presentó nueva pirámide nutricional invertida que coloca la carne roja, los huevos, el queso, la leche entera y las verduras coloridas en la base prioritaria (la sección más amplia, ahora arriba), defiende que las grasas saturadas de origen natural y el sebo vacuno son esenciales para la salud metabólica y cerebral, y relegó los cereales, harinas y carbohidratos refinados a la parte inferior y mínima de la escala.
(RFK Jr) ha promovido activamente durante años la teoría desacreditada de que las vacunas y sus componentes están vinculados con el desarrollo del autismo, sin presentar jamás evidencia alguna de sus afirmaciones. Como secretario de Salud de los Estados Unidos, ha mantenido una retórica que califica al autismo como una «epidemia prevenible» causada por toxinas ambientales, promoviendo iniciativas oficiales y nombramientos de figuras afines al movimiento antivacunas para reevaluar estas hipótesis. Sin embargo, la comunidad científica global coincide unánimemente en que no existe ninguna relación causal entre las vacunas y el autismo.
RFK Jr, se comprometió el año pasado a realizar «un esfuerzo masivo de pruebas e investigación» para determinar la causa del autismo en cinco meses. El plazo se agotó y no aparece por ningún lado la explicación que el funcionario prometió. Según cifras gubernamentales, los diagnósticos de autismo han aumentado drásticamente desde el año 2000, y para 2020 la tasa entre los niños de 8 años alcanzó el 2,77%, según los Centros para el Control y la Prevención de Enfermedades de EE. UU (CDC). Los científicos atribuyen al menos en parte este aumento a una mayor concienciación sobre el autismo y a una definición más amplia del trastorno. Los investigadores también han estado estudiando factores ambientales. Los Institutos Nacionales de Salud de Estados Unidos (NIH), una agencia gubernamental, gastan más de 300 millones de dólares (230 millones de libras esterlinas) al año en la investigación del autismo.
Robert Francis Kennedy Jr es un exitoso abogado ambientalista, pero no es médico y mucho menos especialista en salud. Está en el cargo por motivos estrictamente políticos partidarios y la sumisión incondicional al proyecto político de Donald Trump.
Por eso, el domingo 20 de septiembre por la noche, cuando el alcalde de Austin Kirk Preston Watson, estaba dando una conferencia de prensa televisada en vivo junto a la jefe de policía local Lisa Davis y otros funcionarios, sobre un ciudadano venezolano baleado por un agente de ICE al mediodía de ese mismo día, RFK Jr envió un mensaje al programa que decía “el alcalde demócrata de Austin está POLITIZANDO (sic) el tiroteo relacionado con ICE en su propia ciudad, atacando a los agentes de ICE como “pretendiendo ser fuerzas del orden”.
Un Kennedy militando las directivas políticas de un presidente republicano. Su padre y su tío fallecidos se deben estar revolcando en la tumba.